สำนักโรคไม่ติดต่อ เป็นหน่วยงานวิชาการ สังกัดกรมควบคุมโรค ตามกฏกระทรวงแบ่งส่วนราชการ กรมควบคุมโรค กระทรวงสาธารณสุข พ.ศ. 2545 โดยการรวมภารกิจในการป้องกันควบคุมโรคไม่ติดต่อ และการบาดเจ็บของหน่วยงานในสังกัดกรมการแพทย์เข้าด้วยกัน ได้แก่ ส่วนพฤติกรรมและสังคมสำนักพัฒนาวิชาการ กองประสานปฏิบัติการควบคุมอุบัติเหตุ และสถาบันควบคุมการบริโภคยาสูบให้มาอยู่ในสังกัดสำนัดโรคไม่ติดต่อ กรมควบคุมโรค